SARS нерукотворный? Генеалогия уханьского коронавирусаНаконец дошли руки до этого цикла в шести томах. Не скажу что дотошно прочитал все от начала до конца, но зато самые важные части прочитал внимательно несколько раз.
Объем работы проделан огромный и написано захватывающе. Вот серьезно, человеку бы околонаучные триллеры с элементами фантастики писать - я бы читал с огромным удовольствием. Лучше всякого Дэна Брауна или Майкла Крайтона - куча интриги и куда аккуратней с научной точки зрения.
О чем вообще идет речь в этом тексте? Вообще говоря, там практически нет новых фактов, текст лишь умело собирает в кучу массу уже известной информации. Я бы разделил аргументы в нем на два типа: Один это - смотрите, эти ученые постоянно ищут новые вирусы в животных и потом эти вирусы модифицируют, все это неспроста, они вполне могли создать вирус. Я согласен что могли, может для кого-то это и сюрприз, но вообще это никакая не тайна, а исследования которые на мой взгляд как раз очень важны. Поэтому я этот тип аргументов тут даже рассматривать не буду, можете считать это серьезным ограничением моего анализа, дело ваше.
Второй тип аргументов мне кажется гораздо более интересным: Глядя просто на имеющиеся у нас последовательности разных вирусов автор пытается оценить вероятность того, что вирус SARS-2 искуственный или естественный.
Чтобы не было путаницы в терминах, давайте сразу определим несколько возможных сценариев искусственности или естественности происхождения вируса:
- Вирус разработали специально как биологическое оружие, поэтому разработчики аккуратно спрятали все следы искусственных модификаций, и потом специально или нечаянно выпустили наружу. Теория эта по определению недоказуемая и неопровергаемая на основании последовательностей. Ее даже не рассматриваем.
- Ученые работали с какими-то известными нам вирусами, искуственно их модифицировали, и один из таких модифицированных вирусов умудрился сбежать из лаборатории.
- Ученые работали с неизвестными нам вирусами, искуственно их модифицировали, и один из таких модифицированных вирусов умудрился сбежать из лаборатории.
- Вирус совершенно естественный и либо убежал из лаборатории, либо сам по себе попал к людям. Поскольку последовательность вируса в этих ситуациях будет идентичная, то рассматриваем их как единую теорию о естественном вирусе.
Известные вирусыНачнем со втрой теории о том, что вирус создан путем манипуляций с известными нам вирусами. Эту теорию довольно просто отбросить, потому что при сравнении SARS-2 с опубликованными последовательностями видно, что по сравнению даже с самым близкородственным вирусом летучих мышей RaTG13, у него больше тысячи мутаций. Автор предполагает что возможно вирус RaTG13 долго размножали в клеточных культурах (в пробирке) и эти мутации появились таким образом. В этом я кое-что понимаю, сам занимался эволюцией вирусов в культуре и могу сказать, что это довольно дикое предположение. Для того чтобы в вирусе появилось такое количество мутаций, нужно его культивировать годами. Для примера,
вот тут в течение года культивировали ВИЧ, один из самых быстро-эволюционирующих вирусов. Сколько там накопилось мутаций? 30! Даже если скорректировать на длину генома (коронавирус в 3 раза длинней), то получится около 100 в год. Т.е. даже если бы SARS-2 мутировал со скоростью ВИЧ, то пришлось бы культивировать его 10 лет чтобы получить такую разницу в геномах. При этом надо понимать, что когда вирус культивируют в пробирке, то он будет приспосабливаться именно к жизни в пробирке и терять свою приспособленность к гораздо боле сложной жизни внутри организма хозяина. Поэтому после многих лет жизни в пробирке на выходе бы скорее всего получился вирус, который в людях размножаться бы не смог. В общем, теорию 2 можно уверенно отбросить.
Неизвестные вирусыРассмотрим теорию 3. Поскольку предполагаемые вирусы из которых мог быть собран SARS-2 нам согласно этой теории неизвестны, то места для разных гипотез в любую сторону становится намного больше. Однако если мы предполагаем что ученые специально не пытались спрятать свои манипуляции, то теоретически следы их модификаций могли остаться. Чем более необычные части мы найдем, тем уверенней мы можем сказать, что они искусственного происхождения. Например если мы вдруг обнаружим белок оболочки ВИЧ вместо коронавирусного белка S, то это очень сильный аргумент в пользу искусственности происхождения.
Никаких таких очевидных манипуляций автор после множественных усилий и самых разных анализов не находит. Процитирую окончательный вывод этой статьи.
На всякий случаю, поясню: это НЕ означает, что CoV2 точно был синтезирован в лаборатории. Да, чисто технически, создать такой штамм современному вирусологу не составило бы труда. Но прямых доказательств тому, что кто-либо это сделал, нет. А странные совпадения пока не могут служить даже косвенными доказательствами.Т.е. beyond reasonable doubt доказательств нет. Но мы тут не в суде присяжных, а просто в интернетах болтаем. Давайте посмотрим какие же странные элементы автор таки нашел в последовательности SARS-2. Я вижу два.
Рекомбинация в районе RBMВ разделе "Панголины" автор пишет про очень необычную организацию белка S в SARS-2. Ближайшим известным родственником SARS-2 является летучемышиный вирус RaTG13. Белок S у SARS-2 тоже очень похож на белок S из RaTG13 (но не идентичен ему), но вот в одном месте, ключевом для функции этого белка, он вдруг становится похож не на летучемышиный вирус, а на вирус из панголинов.
Действительно, вот картинка, всего одна аминокислота отличается у SARS-2 и у панголина:
Автор пишет:
...очень странная должна была произойти рекомбинация — как будто кто-то просто взял кусок RBM из панголиньего штамма и заменил им RBM в RaTG13. А это уже смахивает не на эволюцию, а на, прости Дарвин, Intelligent Design.Однако для того чтобы более аккуратно оценить родство между панголиновым вирусом и SARS-2, смотреть надо не на аминокислоты, а на кодирующую их нуклеотидную последовательность. Я вот сделал такой анализ:
И тут картина совсем иная! Вместо "всего одной аминокислоты" мы имеем 26 мутаций на небольшом куске из 216 нуклеотидов, т.е. 12% отличий или всего 88% сходство. Поэтому теория об искуственном происхождении вируса SARS-2 должна звучать так: "кто-то взял неизвестный нам вирус летучих мышей и вставил в него кусок из неизвестного нам вируса панголинов". Конечно, такое может быть, но звучит уже куда менее убедительно. Тем более что (насколько я знаю) известный панголиновый вирус всего один (Upd: Или нет, кажется два).
Автор также рассуждает о том, что образование такого вируса естественным образом очень маловероятно. Он пишет:
Другой вопрос, где именно летучемышиные и панголиньи вирусы могут друг с другом встречаться для таких оргий — в горных пещерах, “мокрых рынках”, приютах для конфискованных животных, или даже в лабораториях.Отмечу тут в сторону, что вообще вот этот стиль автора - "я подмигну, а вы сами догадывайтесь" мне в целом не нравится. Ну, то есть, если бы это была художественная литература аля уже упомянутый Дэн Браун, то это было бы нормально, но вот в таком серьезном анализе, лично меня раздражает.
Как автор совершенно верно говорит - коронавирусы рекомбинируют постоянно, но я не уверен, что он понимает масштаб происходящего. Я уже приводил
вот эту статью ранее, в ней авторы посмотрели на 45 коронавирусов и нашли в них 105 рекомбинаций, причем в основном имеено в белке S:
И надо также понимать, насколько ограниченны наши знания о распространенности коронавирусов, о заражаемых ими животных, и о том, как быстро они эволюционируют и как часто рекомбинируют. Судя по тому, что все панголины (из которых выделили вирус) умерли от выделенного из них вируса, я бы предположил, что скорее всего это вообще не вирус панголинов, а подцепили они его где-то еще уже после поимки. Кто знает от кого они его подцепили, но для естественного появления SARS-2 вовсе не обязательно предполагать оргии между летучими мышами из Юннаня и панголинами из Гуандуня.
Появление фуринового сайтаАвтор обращает внимание на тот факт, что у SARS-2 по сравнению с ближайшим родственником RaTG13 есть вставка четырех аминокислот, которые образуют последовательность распознаваемую протеазой фурин. Интересная разница, особенно учитывая что вообще у семейства бетакоронавирусов в этом месте фуринового сайта нет, а есть он лишь у относительно удаленных коронавирусов.
Я бы сказал, что это достаточно необычный фрагмент чтобы о нем можно было предположить что он искусственный, ну по крайней мере пока не обнаружатся естественные бетакоронавирусы с подобными сайтами. Прямых следов того, что его вставили искусственно нет, но с современными методами модификации геномов я бы никаких таких следов и не ожидал.
Окончательный выводИтак, какова наиболее вероятная теория искусственного происхождения SARS-2? Кто-то нашел новый вирус летучих мышей, а также совершенно новый вирус панголинов и никому об этом не сказал. Последний факт мне кажется довольно невероятным, потому что новости о новом панголиновом вирусе были бы легкой и интересной публикацией. Этот кто-то по каким-то причинам сделал химерный вирус из этих двух вирусов, а также вставил в него новый фуриновый сайт. Это вполне вероятно, потому что в области коронавирусов специфичность белка S это одна из наиболее активных тем исследований и вполне можно предположить что кому-нибудь могло бы показаться интересным сделать такую химеру (среди множества других). И потом этот вирус сбежал из лаборатории с самым высшим уровнем безопасности. Что тоже возможно, примеры тому есть, но надо заметить что примеров этих немного, учитывая количество таких лабораторий и все время их существования.
В общем, в сухом остатке - каждый может остаться при своем, потому что описываемые выше вероятности в процентах не посчтитать. Кому нравится теория искусственного происхождения - тот вполне может найти во всем этом подтверждение своим убеждениям. Кто считает, что вирус естественный - тоже имеет факты в пользу этой теории.
